O município vem se desenvolvendo a partir da arrecadação municipal, estadual, federal e da própria força da comunidade assisense. A economia está baseada no setor primário e tem seu sustentáculo maior na agropecuária com a cultura de arroz irrigado, soja, milho, trigo, feijão, fumo, horticultura, fruticultura e também com a criação de bovinos, ovinos, suínos e aves.

Recentemente o município criou e implantou o programa de Agroindústrias – Pacto Jeito Caseiro, com o objetivo de incentivar a permanência do homem no campo, gerando emprego e renda para sua família.

Ao longo da história, São Francisco de Assis soube muito bem utilizar os recursos disponíveis e aplicar os recursos arrecadados, prova disto, são os inúmeros investimentos em diversos setores como no social, na habitação, infraestrutura urbana, educação, saúde, agricultura, esportes e lazer.