A economia de São Francisco de Assis alicerçada no setor primário, destaca-se pela grande produção de grãos e geração de renda através da pecuária. Cerca de R$ 45 milhões são gerados através das diversas culturas, como soja cuja área plantada é de mais de 17 mil hectares, com produtividade de 2,4 ton/ha. Outras culturas são de milho (4.200 ha), arroz (4.700 ha), fumo (1.000 ha) e trigo (610 ha), conforme dados fornecidos pela Emater/RS.

O comércio e a prestação de serviços, em pleno desenvolvimento, são outras fontes de renda, que geram receitas para o município de São Francisco de Assis, sendo que nos últimos anos têm mostrado um grande crescimento.