O município de São Francisco de Assis está situado na Região das Missões, fronteira oeste, zona de transação entre o Planalto e a Campanha do Rio Grande do Sul. Faz parte da Micro-Região de Santa Maria na depressão central. Sua sede está situada nos paralelos 54’43 e 550 de longitude de 125 m em relação ao mar.

Limita-se ao norte, pelo Rio Itu, com os municípios de Massambará, Unistalda e Santiago; a leste, pelo arroio Piquiri, com os municípios de Nova Esperança do Sul e Jaguari; ao sul, pelos rios Jaguari e Ibicuí, com os municípios de São Vicente do Sul e Alegrete e, ao oeste, por uma linha seca pelas encostas dos aspectos paredões e pela sanga da restinga, com o município de Manoel Viana.

- Distâncias:

Porto Alegre – 485 Km

Santa Maria – 142 Km

Uruguaiana – 234 Km

Alegrete – 90 Km

São Pedro do Sul – 109 Km

Cacequi – 65 Km

Rosário do Sul – 118 Km